伊达氏、出羽的最上氏也拉来了奥羽地区的大名，纷纷要求京极高政荣登大位alggi点com
京极高政以自己德行不够为由再次拒绝alggi点com
随后，上杉政虎、伊达晴宗、最上义守、大友宗麟、近卫前久五人联合奏请alggi点com
京极高政“无奈”宣布成立总督府，京极高政出任总督，总揽天下事alggi点com
同一时间，总督府章程颁布alggi点com
除总督府外，另设众议院、监察院两个机构alggi点com
众议院为中央机构，分上下两个议院alggi点com
上议院常设议员五人，分别由上杉政虎、伊达晴宗、最上义守、大友宗麟、近卫前久出任alggi点com
下议院三十五人，大名二十五人，公卿十人alggi点com
二十五名出任议员的大名分别是岛津、佐竹、里见、尼子、毛利、葛西、浦上、赤松、筒井、畠山、织田、斯波、武田、井伊、小笠原、一条、相良、芦名、河野、山名、一色、土岐、姊小路、伊东、肝付alggi点com
十名公卿则是三条、二条、鹰司、九条、一条（京都一条）、今出川、飞鸟井、西园寺、花山院、三条西alggi点com
监察院的职责是监查百官，设院正一名，监察大使三人，并于各令制国分派监察使一人，监察地方alggi点com
第一任院正为京极高吉，监察大使三人为真田幸隆、明智光秀、沼田光和alggi点com
这四人是监察院的主官，总揽各地监察使alggi点com
这俩个是中央机构alggi点com
地方机构则保留原有令制国，所辖领地为整国或者多国的大名直接出任该国国守alggi点com
比如岛津氏为萨摩守、斯波氏为骏河守、土岐氏为美浓守等alggi点com
国守需入驻伏见城奉公，享有对领国的支配权，但领国的经营由守护负责alggi点com
像陆奥、出羽、播磨这种大名众多的领国，则另选他人出任权守alggi点com
权守没有领国的支配权，只享有一定的俸禄，也需留在京都奉公alggi点com
同时，京极高政将天下划分为九州府、西国府、中国府、近畿府、四国府、北陆府、东国府、关东府、奥羽府9个府，统归总督府直接管辖alggi点com
九州府管领为大友宗麟，西国府管领为尼子五郎兵卫，中国府管领为京极高景（此后中国府管领由京极家继承人出任），北陆府管领织田信长，东国府管领上坂宗信，关东府管领上杉政虎，奥羽府管领仙北公方足利政直，近畿府管领则由京极家亲蕃御三家大名轮流出任alggi点